年，左宗棠升浙江巡抚。

1863年，升闽浙总督。

1864年，他攻陷杭州，加太子少保衔，赐黄马褂。

1866年，左宗棠上书建议设局监造轮船，并创办求是堂艺局，即民族英雄邓世昌求学的福州船政学校。

同年，他被调入陕甘，负责镇压回民叛乱。

1864年，受太平天国和陕甘回变影响，新疆豪强趁势而起，掀起混战。

浩罕汗国军事头目阿古柏趁机入侵新疆，建立洪福汗国。

沙俄亦在1871年趁机占领伊犁。

伊犁被占，清廷派景廉、成禄率军出关，并让左宗棠派兵。

左宗棠认为陕甘未平，此时远征，不是明智之举，但依旧在1872年派兵肃州。】